หลังจากการล่มสลายของแผนการเดสทินีที่เสนอโดยดูแรนดัล ซึ่งจะกำหนดชะตากรรมของผู้คนจากพันธุกรรม คางาริ ผู้แทนระดับสูงแห่งสหพันธ์ออร์บ ได้พยายามนำพาระเบียบใหม่แห่งสันติภาพมาสู่โลก โดยการก่อตั้งองค์กรเฝ้าระวังสันติภาพระดับโลกนามว่า คอมพาส

ปี ซี.อี. 74 มหาสงครามได้สิ้นสุดลงแล้ว แต่ชินยังคงไม่ได้ตัดสินใจว่าเขาควรจะก้าวเดินไปในเส้นทางใด ต่อมา โมบิลสูทที่ผ่านพ้นสมรภูมิรบมามากมายได้ถูกส่งมอบจากซาฟต์มายังฐานทัพชั่วคราวของคอมพาสบนเกาะโอโนโกโร่ ทว่าในคืนนั้นเอง สไตรค์ฟรีด้อมกันดั้มกลับถูกบุคคลปริศนาขโมยไป

เพื่อยับยั้งไม่ให้สถานการณ์บานปลาย เพื่อทวงคืนหุ่นรบที่ถูกขโมยไป และเพื่อปกป้องทุกสิ่งทุกอย่างที่พวกเขาต้องพิทักษ์เอาไว้ ชินและพรรคพวกจึงต้องกระโจนเข้าสู่สมรภูมิรบอีกครั้ง...